Nenhuma é melhor em todos os casos: depende da porta e do que procura. A de embutir vai metida dentro da folha; a de sobrepor vai aparafusada na face interior.
De embutir. É a habitual nas portas de casa e nas blindadas. Fica limpa, protegida dentro da porta, e aciona-se com o puxador e a chave. Precisa de uma porta com espessura suficiente.
De sobrepor. Monta-se por dentro, sem escavar a porta. É muito útil como segundo fecho, por cima da fechadura principal, e em portas finas, de arrecadação ou de armazém, onde não cabe uma de embutir.
O que muita gente faz é combiná-las: a de embutir como fechadura principal e um ferrolho de sobrepor como reforço. Ajudamo-lo a escolher em instalação de fechaduras.